办理减免税的流程是企业先到项目主管部门（外经贸）申领《国家鼓励发展的内外资项目确认书》，凭确认书到海关办理减免税手续。因涉及企业、设备指标等信息，仅提供税号无法确定是否可减免税。自2009年1月1日起，减免税仅免关税，增值税照征。
减免税项目备案审批流程办理:
（一）业务流程
1、申请单位提供减免税备案所需单证。
2、申请单位填写《征免税证明申请表》，并到预录中心预录。
3、申请单位持所需单证及预录表提交海关备案初审。
4、海关进行三级审批。
（二）项目备案所需单证：
申请备案的企、事业单位业均要提交手填并加盖企业公章的《减免税备案申请表》、预录打印出的《减免税备案申请表》和海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；不同项目性质的企、事业单位备案提供不同单据
（1）医学类院校、专业和医药类科学研究机构需将免税进口的医疗检测、分析仪器放置于附属医院使用的，应提供附属医院的事业单位法人登记证书、资质证明文件，并对减免税设备进行统一登记管理；
注：各关应对医学类院校的附属医院分别建立减免税项目档案，并分别录入征免税管理系统，一份减免税项目备案仅对应一所附属医院。
（2）海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；
（3）海关认为需要提供的其他单证
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