1、防霉变：防止霉变的关键在于防潮，东莞打孔纸存放的最佳温度是18℃至20℃，最佳湿度是50％至60％。因此，在清理纸东莞打孔纸时，要避免高温或潮湿天气。一旦发霉，可用质地柔软的纸或布轻轻擦拭，对霉变严重的东莞打孔纸可通过牛奶浸泡、干化处理的方法来解决。
2、防折污：
东莞打孔纸最好装在特制的透明薄膜袋内保存，对于有折损的东莞打孔纸，应平整地放在书中，压上重物，几天后就会平整。对于不平整的纸制品，忌用电熨斗烫平，也尽量不使用高锰酸钾等化学药剂。
3、防虫蛀：避免虫蛀的关键是保持东莞打孔纸的干燥与通风。对于长期保存的东莞打孔纸应定期翻阅，既可起到通风作用，又能检查其是否有变化。对于鼠害较严重的地区，还要注意防止鼠咬。
4、防褪色：防止东莞打孔纸褪色的关键是避免纸币在阳光下暴晒。东莞打孔纸在经过一个较长时期的保存以后就会有不同程度的褪色，这与纸张和油墨的质量有直接关系。东莞打孔纸忌用碱性、酸性液体清洗，否则会导致褪色。
5、防火灾：注意防火尤其重要。一般来讲，东莞打孔纸保存一定要远离火源、电源，也不要和易燃易爆物品放在一起，一旦发生火灾，后果不堪设想。
