• 发布日期：2018-10-31
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深圳子科生物报道：循环肿瘤DNA（ctDNA）分析为癌症的检测和监控提供了一种非侵入性的方法，引发各界关注。通常，人们是从中寻找癌症相关的突变。不过，香港中文大学的研究人员另辟蹊径，通过一种新颖的方法来捕捉DNA片段中的肿瘤信号。

在这项周一发表于《美国科学院院刊》（PNAS）的研究中，研究小组通过对肝细胞癌、肝移植和肝炎患者血浆样本的分析，表明DNA片段的末端坐标可以作为癌症的标志物，这有望提高液体活检的成本效益。

这项研究由香港中文大学的卢煜明（Dennis Lo）教授领导。他是无创产前检测（NIPT）的奠基人，也是液体活检领域的先驱。他曾经与美国Grail公司合作，将与病毒相关的头颈癌检测商业化。

在这项研究中，研究人员首先描述了他们开发的各种方法，可用于检测血浆中与癌症相关的体细胞突变（包括驱动突变和过客突变）。然后，他们将注意力转移到除突变之外的其他癌症信号。

研究人员介绍称，除了寻找肿瘤突变之外，目前正在研究的其他方法包括DNA甲基化、核小体定位，以及肿瘤相关病毒的检测（仅适用于某些癌症）。

最近的研究证明，游离DNA的片段化是一个非随机的过程。因此，卢教授及其合作者认为，他们有望找到肿瘤DNA特有的模式，并用于鉴定癌症是否存在。

利用一组肝移植受体的血浆样本，研究人员首先表明，肝脏来源的游离DNA分子比非肝脏来源的分子更倾向于在某些基因组坐标上终止。之后，他们分析了一组肝癌患者的测序数据，并将其与慢性乙肝患者的样本进行比较，发现了肿瘤特异性的血浆DNA的末端坐标。

研究人员表示，这些具有癌症特异性末端坐标的循环DNA分子的丰度也与患者的肿瘤DNA部分密切相关。同时，整个基因组中有数百万个与肿瘤相关的血浆DNA末端坐标，这表明它们比体细胞突变更容易检测到。作者认为，这种基于末端坐标的方法可能为寻找血液中的癌症迹象提供了一种更便宜的方法。

因此，将体细胞突变检测与肿瘤相关DNA的末端坐标相结合有望大大提高液体活检的敏感性。“评估这些末端坐标在癌症早期无创检测中的价值将会很有趣，”研究小组得出结论。

卢教授及其同事报告称，他们已就这项研究所报告的数据提交了专利申请。

原文检索

Preferred end coordinates and somatic variants as signatures of circulating tumor DNA associated with hepatocellular carcinoma

PNAS published ahead of print October 29, 2018 https://doi.org/10.1073/pnas.1814616115