除了北方的麦曲外，至迟在晋代南方已出现了团状的米曲。晋人嵇含在《南方草木状》中记载了南方的草曲，也即米曲，这是关于南方米曲的最早记载。

小曲一般是南方所特有，从晋代第一次在文献中出现以来，名称繁多，宋代《北山酒经》中共有四例。其制法大同小异，采用糯米或粳米为原料，先浸泡蓼叶或蛇麻花，或绞取汁。取其汁拌米粉，揉面米团。

传统小曲的生产流程：

陈酒药　水　米粉　辣蓼草末→拌料→打实→切块→滚角→接种→入缸保温培养→入匾培养，换匾，并匾→装箩，出箩→晒干。

传统小曲生产流程

传统的麦曲，完全采用天然接种微生物的方式。小曲的接种在宋代以前，也不例外。但在<<北山酒经>>中则记载了一种人工接种的方式，即：“团成饼子，以旧曲末逐个为衣”。也就是说把新制成的曲团在陈曲粉末上滚动一下，陈曲末便粘在新曲团的表面，陈曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲团上迅速繁殖，形成生长优势。由于可以人为地选择质量较好的陈曲作为曲种，这就可以择优汰劣。通过年复一年的人工选育，自然淘汰，质量优越的曲种（实际上是微生物菌种）就保留下来了。而天然接种的酒曲，酒曲中微生物的来源主要是水源，原料本身所带入，或者制曲场所及用具。性能优良的菌种无法代代相传，酒质也就无法恒定。

明清时期，小曲中加入种类繁多的中草药，成为这一时期的特点。明《天工开物》中说：“其入诸般君臣与草药，少者数味，多者百味，则各土各法，亦不可殚述。”这种传统做法一直延续至现代。周恒刚先生在1964年搜集的四川邛崃的药曲配方中，有一例，其配方中用药达72味，合计50多公斤，可配1460公斤的原料（《糖化曲》，1964年，中国财经出版社）。但小曲也有少加甚至不加药的。如明代的东阳酒曲中只加辣蓼。宁波白药也是如此。故明代以来，小曲向药小曲和无药小曲两个方向发展。

小曲中的微生物主要是根霉，据有关科技工作者分离鉴定，在分离到的828株毛霉科的霉菌中，其中根霉占643株。根霉不仅具有糖化作用，还具有酒化酶，故具有酒化作用。小曲中还有许多其它微生物，现代工业微生物从中得到不少有益的菌种，继续为人类做出贡献。